1992年扬州港成为国家一类对外开放口岸，江泽民总书记亲笔题写了“扬州港”港名。扬州港分港区有高邮港、仪征港、江都港、宝应港。
境内有长江岸线80.5千米，沿岸有仪征、江都、邗江、广陵等一市三区；京杭大运河纵穿腹地，由北向南沟通白马湖、宝应湖、高邮湖、邵伯湖，汇入长江，全长143.3千米。除长江和京杭大运河以外，主要河流还有东西向的宝射河、大潼河、北澄子河、通扬运河、新通扬运河。
